Přírodovědné základy představují nezbytné minimum znalostí, které si musí osvojit zájemci o studium integrovaného systému v ČR. Kapitoly se tématicky zabývají matematikou zejména statistikou a pravděpodobností (v míře nutné pro pochopení IZS), fyzikou (mechanika, termodynamika, vlnění, jaderná fyzika, elektřina, magnetismus), chemií (periodická soustava prvků, oxidace, redukce), zvláštní statě jsou věnovány výbušninách, toxikologii a chemickým a biologickým zbraním.