Vědecké schopnosti Josefa Blahože se projevují zejména tam, kde se zabývá svými ústavněprávními instituty - učením o parlamentech, prezidentském systému, úloze politických stran v soutěžní demokracii či prezidentském systému, úloze politických stran v soutěžní demokracii či zejména tzv. kontrolou ústavnosti, lidskými právy a evropskou integrací.