Román Tajemství Prokopa Velikého probíhá ve třech navzájem se prolínajících časových rovinách – za husitské reformace, v počátcích jezuitské protireformace a v současnosti. A díky tomu možná s jistým překvapením zjistíme, že problémy, s nimiž byl konfrontován husitský vojevůdce Prokop Holý, řečený Veliký, jezuitský kněz Petr Kanisius (představený jezuitské provincie zahrnující České království, Polsko, Rakousko a německé státy) a tajemný vatikánský Strážce Vittorio Baldini, jsou navzdory oddělujícím staletím variacemi na stále jedno a totéž téma.