Komentář poskytuje celistvý pohled na obecnou i zvláštní územní a druhovou ochranu včetně hodnocení vlivů na oblasti v soustavě Natura 2000. Vychází přitom zejména ze závěrů rozsáhlé judikatury českých soudů a také Soudního dvora EU. Zvláštní pozornost je věnována návaznosti na řízení podle stavebního zákona a podmínkám účasti veřejnosti v řízeních, ve kterých mohou být dotčeny zájmy ochrany přírody a krajiny.